一旦施行连作，肥料成分必定会蓄积于土壤中。这是因为施肥的肥料，并不会完全被作物吸收。
假设某种作物的施肥量为100，那么作物大约会吸收：70的氮，20的磷酸，以及80的钾。剩余的养分则会堆积在土壤中。在土壤里，大部分的氮会被菌体吸收，成为有机物；磷酸则会与铁和铝结合，变得不溶于水。残留于土壤中的肥料成分，并不会一次全部蓄积，而是逐渐累积。施用堆肥时，堆肥所含的成分也会进入土壤；在栽种生长速度较快的蔬菜类时，为了提高收成量，会经常施加过量的肥料。养分过剩蓄积，作物根部的生长就会停滞，造成作物成长状况不佳；而许多人为了解决这个问题，又再施用更多的肥量，如此陷入恶性循环。2. 过度施肥造成的障碍施用充分的堆肥，土壤的缓冲功能便可提升；在不施用堆肥的状态下，如果持续进行高肥栽培，地力便会明显衰落。若氮肥料过多，土壤就会蓄积大量的硝酸，让土壤的pH值下降，逐渐变成荒废地。使用过量的氮肥，还会造成气体害。在旱田施用过量的尿素肥料，便会在氧化状态下，产生一氧化二氮及氨气。在水田施用过多的硫酸铵，硫酸根离子会在还原状态下游离，产生硫化氢气体。3. 在设施栽培中累积得更快露天栽培下，氮和钾会随着雨水流失。但在设施栽培中，由于盐类不会因为雨水而流失，因此堆积得更为迅速。在设施栽培中，过度施用的化肥中，盐类不断累积，使土壤变成高盐类土壤，破坏微生物的平衡。盐类堆积，pH值在7以上的碱性土壤中，会产生氨气；硝酸堆积，pH值在5以下的酸性土壤中，则会产生亚硝酸气体，对作物造成伤害。
4. 如何防止养分过度蓄积防止盐类堆积的方法，包括减少施用量，并夺取已经累积的养分。
减少施用量，就是遵循土壤诊断的结果，不进行过度施肥，同时慎重选择肥料种类，使用成分中不含硫离子的，尿素或硝酸铵肥料。此外，在施用有机物时，也必须避免，肥料成分较高的家畜粪堆肥；只须适量施用，肥料成分含量较低的，混合树皮堆肥即可。夺取养分，指的是将作物的残渣带出农地，更进一步种植高粱等，可大量吸收肥料成分的抑草作物，最后将这些作物带离农地。紧急的时候，可以进行淹水除盐，也就是大水漫灌，将肥料成分冲走。
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